La institución bajo la filosofía de servir y proteger, ha sido muy cuestionada por diversos sectores y la misma sociedad hondureña, catalogada como incapaz hasta de manejar y darle el seguimiento a sus miembros, ante actos fuera de la ley orgánica bajo la que son gobernados, según el criterio de la ex rectora de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, Julieta Castellanos.
Ante los parámetros irregulares y el contexto que se ha venido presentando en la institución de seguridad, miembros de la comisión, han reiterado que es necesario tener una Dirección de Asuntos Disciplinarios, capaz de castigar y sancionar cuando se necesite.
A criterio de las autoridades de la Secretaría de Seguridad, los procesos al interno han sido casi de manera permanente, logrando los rangos de manera internacional.
Alrededor de mil funcionarios policiales han sido suspendidos en lo últimos meses, y mil 143 han sido cancelados según los datos proporcionados por las autoridades en la materia.
