Ubicada dentro de la residencia del mismo nombre, la capilla de Santa Marta era poco conocida e incluso solo los residentes podía acceder a ella. Desde el incio del pontificado de Francisco en 2013, la capilla de Santa Marta reune en la celebración a cardenales, obispos y sacerdotes para concelebrar con el Sumo Pontífice, se suman también algunas personas de mantenimiento de la Santa Sede e invitados especiales.
La capilla que fue ideada por el norteamericano Louis Astorino, la convirtió en algo muy novedoso al convertirse en el primer recinto hecho por una persona estadounidense. La casa Santa Marta y la capilla en mención, fueron elaboradas en un viejo hospital romano como promoción de San Juan Pablo II para cubri la necesidad creada de acoger a obispos participantes de los sínodos, visitas ad límina y eventos extraordinarios.
La capilla de Santa Marta se empezó a construir en diciembre de 1995 y fue elaborada con cuatro mil piezas de mármol puro con diferentes tamaños y colores formando una malla triangular en referencia a la Santísma Trinidad
Cuenta con una pared de vidrio en su parte derecha mostrando las estaciones del Santo Vía Crucis, mosaicos con los dones del Espíritu Santo.
En 1996, se concluyeron los trabajos en la capilla de Santa Marta, siendo San Juan Pablo II, el primero en dobla rodillas y orar en este lugar.
Diariamente el Papa Francisco celebra allí la Santa Misa y los fieles que envíen una solicitud a la secretaría de Su Santidad Casa Santa Marta, 00120. Ciudad del Vaticano, pidiendo participar en la celebración, en ella debe ir el nombre completo, dirección residencia, al menos 3 contactos, motivo para querer participar y las fechas en que se desea asistir.
