La tradición afirma que San Judas murió mártir cerca del año 65 después de Cristo, junto a San Simón Apóstol, a quien le llamaban el Zelote. Algunos historiadores afirman que fue en Beirut y otros en Armenia. La tradición dice que los dos apóstoles viajaron juntos para predicar el Evangelio en Persia, donde fueron martirizados: Judas fue golpeado hasta la muerte con un palo y Simón fue cortado por la mitad. Sus restos permanecieron en un monasterio cercano al Lago Issyk Kul en el actual Kirguizistán hasta que fueron trasladados a Roma en el siglo XV.
Se conoce que los restos de San Judas Tadeo se encuentran junto a los restos de San Simón, en el Altar de San José que se encuentra en el crucero izquierdo de la Basílica de San Pedro, justo debajo de la mesa de celebración, y es que desde el 27 de diciembre de 1605, el Papa Pablo V dispuso que allí fueran trasladados y se colocaran bajo este altar.
