Cristobal Colón en su cuarto y último viaje se dirigió hacia la tierra firme continental llegando a Honduras, cuyas montañas se divisaban desde la isla de Guanaja. El 11 de agosto de 1502 llegó a la entrada de la bahía de Trujillo, continuando la navegación con rumbo al Oriente, las cuatro embarcaciones llegaron el 14 de agosto a la desembocadura del río Tinto. Don Bartolomé Colón (hermano de Don Cristobal) desembarcó en este lugar y tomó posesión de las nuevas tierras en nombre de los reyes de España. Por haberse celebrado allí esta ceremonia, Colón dio al río el nombre de Río de la Posesión. Bajo una ceiba corpulenta que crecía en sus orillas, fray Alejandro celebró la primera misa que se dijo en la tierra firme del Continente Americano.
En el país, el proceso de evangelización comenzó tardíamente. Los primeros pasos se dan en 1524, más de 20 años después de la llegada de los primeros españoles. La Iglesia hondureña inició su tarea evangelizadora plenamente con la creación del Obispado de Trujillo en 1527 por Su Santidad Clemente VII y con la llegada del primer Obispo de Honduras, Cristobal de Pedraza, en 1540.
Ante la escasez de clero diocesano, el obispo Cristóbal de Pedraza incorporó al trabajo pastoral a los religiosos para que respondieran a las demandas de otras zonas. Así en 1544 se establecen los frailes Mercedarios en Honduras, quienes rápidamente establecieron conventos y doctrinas en Tencoa, Gracias a Dios, Comayagua y posteriormente en Tegucigalpa. En 1574 se establecen los frailes Franciscanos en la provincia de Honduras, trayendo consigo
una visión religiosa diferente a la que sostuvieron los franciscanos aque acompañaban a Cristobal Colón cuando llegó a Honduras en 1502.
En 1586 los franciscanos fundan la Custodia con el nombre de Santa Catarina Mártir, integrada por los siguientes conventos: San Antonio en Comayagua, San Jerónimo en Agalteca, San Andrés de Nacaome, San Francisco de Asís en Trujillo, San Diego en Tegucigalpa, Nuestra Señora de las Nieves en Amapala, San Francisco de Asís en Catacamas, entre otros, además de una serie de misiones, especialmente en la Tegucigalpa. Estos frailes Franciscanos popularizaron en todo el país la devoción a la Inmaulada Concepción de María, queizás la más arraigada en todo el territorio hondureño. Las ciudades más importantes del país tienen como patrona a esta advocación de la Virgen: Comayagua, Choluteca, Comayaguela, Juticalpa, Danlí. Es notable observar a lo largo y ancho de nuestra geografía, la cantidad de ciudades, pueblos, aldeas y caseríos que celebran el 8 de diciembre su tradicional fiesta patronal, y que los principales templos del país ostenten una imagen de la Inmaculada. Así la Virgen de Concepción , en alguna medida, forma parte muy importante en la religiosidad del pueblo hondureños, quedando así plasmado por igual en la imagen de la Limpia Pura Concepción de María, encontrada por el labrador Alejandro Colíndrez y su sobrino Lorenzo Martínez, en la montaña de El Piligüín, un sábado del mes de febrero de 1747, originarios de la aldea de Suyapa, y proclamada más tarde en 1925, por Su Santidad Pío XI Patrona de Honduras, bajo el título de la Nuestra Señora de Suyapa.
Con la independencia de Centroamérica de la Corona Española en 1821, la Iglesia hondureña vivió un largo período de persecución y sobre todo de búsqueda de su identidad cristiana.
En 1829 son expulsados los religiosos de Honduras. En 1865 muere en Honduras el misionero Manuel de Jesús Subirana, ejemplo de evangelizador y gran defensor de los indígenas.
En 1890 se realiza en primer sínodo diocesano en Comayagua, presidido por Monseñor Manuel de Jesús Vélez.
Ya en el siglo XX suceden una serie de acontecimientos que paulatinamente afianzan a la Iglesia, entre los acontecimientos más significativos podemos mencionar:
En 1902 se establecen en la Costa Norte los Padres Paulinos.
En 1909 se abre el Seminario Menor en Tegucigalpa, el cual en 1962 se convierte en el Seminario Mayor Nuestra Señora de Suyapa.
En 1916 se crea la Provincia Eclesiástica de Honduras, compuesta por la Arquidiócesis de Tegucigalpa, la diócesis de Santa Rosa de Copán y el Vicariato Apostólico de San Pedro Sula. Posteriormente se crearon las diócesis de Olancho, Comayagua y Trujillo.
La participación de varios de nuestros Obispos en el Concilio Vaticano II, concluído en el 1965, infundió a la Iglesia nuevos bríos e hizo surgir el ministerio de los Delegados de la Palabra de Dios.
